學位學程
本院的學位學程以碩士學位學程及博士學位學程為主體，學士學位學程未來將依實際需求、教師招募時程與學生員額數而規劃增設。學位學程的設計理念為兼顧學生的科學知識、運算技術與軟性實力的發展。學生除了學習基礎運算與專業學門的理論知識與實作技能，亦重視社會關懷、議題分析、溝通合作、創新應用、系統整合等軟性實力的建構。唯有理性的專業知識技術與感性的社會關懷素養兼具，搭配跨領域系統整合的能力，才能真正實現「以應用運算技術促進社會福祉」之願景。
學分學程
本院的學分學程目標為引導各專業（非運算相關）系所之學生，藉由跨領域師資以應用導向之教學模式，在申請者原專業領域知識的基礎上，指導並強化其運算知識、技術與工具，使學生不但在原領域擁有有效解決問題的能力，更提升其專業價值。學生修畢學分學程後可選擇回到各專業系所導入所學運算知識與技能從事整合應用工作，或選擇攻讀本院的（碩博士）學位學程。跨領域學分學程由運算技術的基礎與核心課程，搭配不同專業領域之進階課程建構而成。
